Peu après les évènements de Beast Wars II, et le sacrifice de Leo Prime. Vector Sigma et le conseil de Cybertron envoient une équipe de Maximals, dirigée par Big Prime (Big Convoy en VO), afin de récupérer des capsules d'énergie Angolmois dispersés à travers la galaxie par Leo Prime. Ils feront alors face aux Predacons, dirigés par Galavatron, puis à Magmatron, l'empereur de la destruction ainsi qu'au Dieu destructeur Unicron, cherchant à restaurer son corps.