Matthew Gore est un petit garçon britannique intelligent et coulant une vie normale avec sa famille adoptive. Un jour, il se met à entendre des voix dans sa tête lui suggérant diverses solutions aux problèmes l'entourant, allant parfois des devoirs scolaires à de complexes problèmes scientifiques. En réalité, il a reçu la visite mentale d'une entité extra-terrestre nommée Chocky. Comme son travail scolaire et son talent artistique semblent s'améliorer de façon spectaculaire, il éveille bientôt les soupçons d’obscurs groupes puissants désireux de s'approprier la connaissance fabuleuse dont il est maintenant en possession. Une année s'est écoulée depuis que Matthieu a dit au revoir à son ami des étoiles, et pendant les vacances d'été, il rencontre Albertine, un petit prodige des mathématiques, avec qui il découvre qu'il peut communiquer par télépathie. Un jour, Chocky revient pour l'avertir qu'ils sont tous deux en danger. Mais au moment de prévenir Albertine, elle disparaît mystérieusement. Matthieu tentera par tous les moyens de la retrouver. Chocky, un être invisible d'un autre monde, est entré dans la vie de Matthieu il y a quelques années. Sa connaissance très avancée suscita beaucoup d'intérêt de la part de l'armée, et ceux-ci sont prêts à prendre des mesures radicales si elles n'obtiennent pas ce qu'ils veulent. Cette fois, Chocky promet d'apprendre aux enfants à construire une pyramide d'énergie cosmique. Une prestigieuse université engage Albertine afin de réaliser ce projet. Au passage Chocky recrutera d'autres enfants surdoués afin de les aider dans cette entreprise. Mais des espions épient leur projet afin de s'en emparer.