Cinq adolescents et un chien-lapin luttent, à l'aide de motos qui se transforment en avions et de cristaux d'énergie, contre l'empire cyclonien qui veut reconquérir l'Atmos, un monde essentiellement constitué d'air et de terras, des îles de terre qui flottent dans les airs. Storm Hawks se déroule dans un monde fictif appelé Atmos, un monde en grande partie montagneux composé de masses terrestres dispersées et imposantes en forme de plateau connues sous le nom de terras. Juste en dessous des terras se trouvent les Terres Désolées, la zone la plus dangereuse d'Atmos, avec des feux infernaux et des créatures méchantes. En raison de la géographie, les voyages dépendent principalement du vol. La technologie d'Atmos est basée sur des cristaux générateurs d'énergie, utilisés pour alimenter les différents appareils de la série. Les escadrilles d'Atmos patrouillent dans le ciel, des groupes de guerriers qui pilotent des véhicules de type motocyclette appelés Skimmers qui peuvent se semi-transformer en machines volantes. Chaque escadrille est dirigé par un Seigneur du ciel et ces guerriers sont vaguement gérés par le Conseil des Seigneurs du Ciel. Dans la trame de fond de la série, une dirigeante maléfique nommée Maîtresse Cyclonis et ses serviteurs, les Cycloniens, ont menacé Atmos. Les Storm Hawks d'origine ont mené les escadrilles dans une guerre contre eux, mais ont été trahis et vaincus par l'un des leurs (plus tard connu sous le nom de Dark Ace). Dix ans plus tard, les personnages principaux de la série tombent sur l'épave du transporteur des Storm Hawks, le Condor, et prennent officieusement le nom de Storm Hawks dans l'espoir de devenir eux-mêmes Seigneurs du ciel, même s'ils ne sont pas assez vieux pour voler légalement. le véhicule. Cependant, leur jeunesse bat leur ambition, car ni leurs amis ni leurs ennemis ne les prennent au sérieux à cause de cela. Cela change lorsqu'ils sont mis en conflit avec une nouvelle Maîtresse Cyclonis, petite-fille du précédent. Parmi ses partisans se trouvent le Dark Ace, l'homme qui a trahi les Storm Hawks originaux et sert maintenant Cyclonis comme son bras droit; Snipe, un homme fort maniant une masse avec un penchant pour briser les choses; et la sœur de Snipe, Ravess, un archer qui amène toujours des hommes de main jouant du violon dans la bataille pour la musique à thème.