Le Petit Prince, le Renard et la Rose vivent désormais ensemble sur l'astéroïde B 612. Un jour, le Serpent tente de séduire la Rose; mais cette dernière le repousse. Décidé à se venger, le Serpent projette d'éteindre toutes les planètes de l'Univers les unes après les autres. Désormais, seuls le Petit Prince et le Renard sont en mesure d'empêcher le pire. La Rose, à la suite d'une vision, se pose des questions sur sa planète d'origine et souhaite la retrouver. Le Petit Prince se met alors en quête de cette planète en laissant Renard prendre soin d'elle et empêcher les baobabs qui ont réussi à s'enraciner sur B612 de trop pousser et de détruire l'astéroïde. Aucun d'eux ne se doutait que ces visions sont une manigance du Serpent pour éloigner le Petit Prince et inciter ses deux amis à lui subtiliser son carnet. Son plan une fois accompli, il peut à nouveau semer le chaos dans la galaxie en entrechoquant toutes les planètes et en mêlant les habitants. Le Petit Prince, avec l'aide de ses nouveaux compagnons le Chasseur, le Géographe, le Roi et le Businessman, va à nouveau se mettre en chasse du Serpent et tenter de retrouver la Planète des Roses.