Il y a 5 ans, un nouveau type de virus, nommé Virus Bugster, a infecté l'humanité et les a transformés en créatures appelées Bugsters. À l'heure actuelle, Emu Hōjō, un stagiaire en médecine et un joueur de génie, reçoit le Gamer Driver et le Gashat Mighty Action X pour se transformer en Kamen Rider Ex-Aid. Avec plusieurs autres Kamen Riders, Emu doit rivaliser pour sauver des personnes du virus Bugster et devenir le «super docteur» qui sauvera l'humanité !