Cette série met en scène la jeunesse de Clark Kent (Superman). Dans la première saison, Clark Kent, âgé de 19 ans environ, suit des cours à l'école de journalisme de l'université Shuster de Siegelville. Il a pour amis T. J. White, le fils de Perry White et Lana Lang. Ils enquêtent pour le journal de l'université et doivent déjouer les actions de criminels et de Lex Luthor qui est également étudiant à l'université. Des menaces venant de l'espace ou d'autres dimensions (alien, extra-terrestres, kryptonite, Mister Mxyzptlk) s'attaquent également à Superboy. Dans le dernier épisode, Lex Luthor mène des expériences dans un laboratoire personnel. À la suite d'une explosion, un incendie démarre et Superboy doit intervenir. Après cet incident, Luthor perd ses cheveux et rend Superboy responsable de sa calvitie. Lors de la deuxième saison, T. J. White est parti travailler avec son père et est remplacé auprès de Clark Kent par Andrew MacCalister, tandis que Lex Luthor a quitté l'université et veut toujours se venger de Superboy. Lors des troisième et quatrième saisons, Clark Kent et Lana Lang ont quitté l'université et la ville de Siegelville pour le Bureau for Extranormal Matters dans la ville de Capitol City. Ils travaillent avec l'agent Matt Ritter pour élucider toutes sortes de menaces surnaturelles qui surgissent. Ils ont pour patron C. Dennis Jackson.