La Terre mène une guerre en secret contre les Space Beasts, organismes de vie inconnus. TLT, une organisation de défense international top secrète, était le dernier espoir de l'humanité. L'histoire tourne autour de Kazuki Komon la nouvelle recrue des Night Raiders l'équipe d'assaut de TLT. Dans le , alors que Komon se dirige vers le quartier général de TLT, il se fait attaquer par un Beast. Par chance, il est sauvé par un mystérieux géant, connu sous le nom de Ultraman Nexus. Komon est alors absorbé par cette vérité que personne ne connaît... Les mystères concernant les anciens membres des Night Raiders, l'origine des Beasts autant de questions qui sont maintenant posées. Le sort de l'humanité dépend de ta lumière Nexus.