Eli Shane n'est encore qu'un enfant lorsque son père disparaît. Lorsqu'il eu 15 ans, bien décidé à lui succéder, Eli descend dans Slugterra : les mondes souterrains pour la première fois avec une petite créature, la célèbre Slug Inferna nommée Burpy qui était le meilleur ami de son père. Slugterra est un monde sous la surface terrestre complètement isolé. Toutes les personnes qui l'habitent ont en leurs possession des Slugs, de petites créatures ressemblants à des limaces. Eli va bientôt se faire de nouveaux amis parmi les humains et les Slugs : Pronto est un taupoïde, Trixie est une jeune fille trimbalant toujours sa caméra et Kord est un troll des cavernes voulant partir à l'aventure avec des Slugs8. Avec eux, Eli va s'inscrire à un tournoi, vivre des aventures et combattre l'infâme Pr Thaddeus Blakk et son projet de transformer toutes les Slugs en goules.