Il y a des milliards d'années une race extra-terrestre colonisa la Terre dans le but de créer l'arme ultime : l'Homme. Cette race possédant un équipement : le Bio-Booster Armor Guyver, par curiosité, décidât de l'essayer sur l'homme. C'est une armure qui une fois activée fusionne avec le corps et se transforme en armure parfaite lui augmentant sa force par 100 mais l'homme devint alors incontrôlable. Un jour pour des raisons inconnues, cette race quittât la Terre. Cependant une société, la Chronos Corporation, recherche les armures Guyver restantes sur Terre. Pour ce faire, elle utilise des Zoanoïds : des humains modifiés génétiquement aux capacités physiques et spéciales amplifiées. Sho Fukamachi met accidentellement la main sur l'une de ces armures et l'active malgré lui...