Après avoir échappé au raid du monstre géant Skull Gomorra, Riku Asakura et son partenaire Pega sont tombés sur une base secrète située à 500 m sous terre. Grâce au Geed Riser et aux Ultra Capsules du système d'exploitation Rem, il se transforme en Ultraman Geed et devient un héros inspiré par son enfance.