Yui est une écolière moyenne qui vit dans un avenir où tous les ordinateurs sont pris en charge par un seul réseau mondial appelé COMNET. Yui est une fille illettrée par ordinateur qui, après un accident de laboratoire informatique, est approchée par IR, un programme informatique correcteur qui lui dit qu'elle doit sauver COMNET. Elle doit arrêter l'IA voyou. (Intelligence Artificielle) programme informatique connu sous le nom Grosser et ses sbires-programmes de prendre le contrôle du monde. Grosser a été conçu à l'origine pour être le gestionnaire de l'ensemble de COMNET. Au début, elle est très réticente à jouer l'héroïne en raison de son manque total de connaissances et de capacités avec les ordinateurs. Pour sauver COMNET, elle doit trouver et gagner la confiance des sept autres programmes correcteurs. Ils doivent également trouver le créateur ou le professeur de COMNET Inukai, pour aider à arrêter Grosser pour de bon.