Situé sur la lointaine planète Zi, l'histoire se déroule dans un monde où les créatures biomécaniques appelées Zoids servent d'armes puissantes dans le conflit de longue date entre la République Hélique et l'Empire Guylos. Un cessez-le-feu fragile tient, mais les tensions croissantes et le retour de l'ancienne technologie zoïdienne menacent de plonger les deux nations dans la guerre. L'histoire suit Van Flyheight, un jeune garçon qui découvre Fiona, une mystérieuse fille sans mémoire, et Zeke, un organoïde capable d'améliorer les capacités de combat d'un Zoid. Voyager avec le Moonbay ingénieux et le mercenaire réservé Irvine, le groupe cherche des indices sur le passé de Fiona. Leur voyage les mène à travers la République et finalement au cœur d'un nouveau conflit qui façonnera l'avenir de Zi.