Dans le futur, quand les améliorations technologiques du corps et la robotique sont devenues une façon de vivre, le Major Motoko Kusanagi et la section 9 s'occupent de missions trop difficiles pour la police. La section 9 emploie des hackers, tireurs d'élite, détectives et cyborgs, dans le but de contrecarrer les cybercriminels et leurs plans visant les innocents.