Située en 1635, 35 ans après la bataille de Sekigahara, le Japon semble paisible. Mais une créature monstrueuse appelée « Gun-kyo », qui dévore les humains, vient troubler ce calme. Le shogunat brûle des villages là où Gun-kyo apparaît pour dissimuler la vérité. Orin, une ancienne ninja vivant tranquillement avec sa belle-fille, est ramenée au combat après avoir rencontré Gun-kyo en cherchant un remède. Pendant ce temps, Shiro, un Gun-kyo qui conserve sa conscience humaine, se met en quête de ses origines et du secret de la créature.