Tout commence quand, après 12 millénaires de sommeil, le démon Empire s'éveille pour prendre le contrôle de la terre. Raideen, un robot géant protecteur de l'ancien continent de Mu, ressent cette présence maléfique et émerge lui aussi des songes, dans sa pyramide dorée. Akira Hibiki, un jeune garçon japonais, est alors alerté de la menace du démon par une mystérieuse voix qui l'attire vers la pyramide. De fait, Akira descend de l'ancien peuple de Mu, chargé d'aider Raideen dans sa lutte. Intuitivement, Akira pénètre dans le robot par une sorte de rampe, fait démarrer le moteur dans la tête du robot et pilote ce dernier depuis un cockpit interne. Les capacités de Raideen se révèlent d'ailleurs très variées, puisqu'il peut voler, tirer flèches et missiles, et surtout se transformer en un robot à forme d'aigle, appelé le mode God Bird. Bien sûr, Akira est supporté dans sa mission par diverses personnes, dont Mari Sakurano, fille d'un éminent scientifique, et ses amis du club de football.