Des milliers d'années après la guerre entre les dieux et l'Aquarion, l'humanité fait face à une nouvelle menace d'un autre monde. Amata Sora, un jeune homme qui a rejoint l'organisation DEAVA, devient pilote de l'Aquarion, un robot géant formé par la fusion de trois appareils de combat. Avec ses camarades pilotes, il se bat pour protéger le monde, tandis que les mystères du passé et le phénomène "Evol" se révèlent lentement.