Inazuma Eleven GO se déroule dix ans après les événements d'Inazuma Eleven, suivant Arion Sherwind alors qu'il rejoint le club de football du collège Raimon. Il découvre que le football a été transformé par une organisation nommée Cinquième Secteur, qui contrôle les résultats des matchs. Arion et ses coéquipiers luttent pour libérer le football de cette emprise et pour que chacun puisse en profiter à nouveau