Sengoku Collection tourne autour de nombreux samouraïs qui sont accidentellement retirés d'un univers parallèle habité par des personnages historiques bien connus. Contrairement à la période de guerre historique que nous connaissons, tous les habitants de ce monde unique ressemblent à des lycéennes. Venues de l'époque médiévale et se trouvant totalement émerveillées par tout ce qu'elles rencontrent dans le Tokyo moderne, les filles deviennent les meilleures amies à travers leurs aventures.