Le monde bleu, qui symbolise la raison, est constamment attaqué par les créatures appelées Nightfly O'Note provenant du monde rouge, symbolisant l'instinct. Akira Asagi, 17 ans, chercheuse à Blue World, est nommée pour mener la guerre au GAL Ryuukyuu, une fière installation de défense sur les îles d’Ishigaki et d’Iriomote. Elle rencontre la sixième unité de combat "IS", qui a été formée quatre ans après une bataille acharnée qui a annihilé la cinquième unité. Akari doit mener ces six cavaliers, également appelés les Scared Rider Xechs, à lutter contre l'autre monde tout en approfondissant la relation entre eux.