En 2008, Wataru Kurenai vit dans la maison de son père Otoya Kurenai qui a disparu il y a vingt-deux ans. Il a comme seul ami, une jeune fille du nom de Shizuka Nomura. Il est décrit par ses voisins, comme quelqu'un d'étrange qui fait des expériences nauséabondes. En tant que Kamen Rider Kiva, il combat les Fangires (des monstres draineurs de vie) qui attaquent les humains. Il sera traqué, puis aidé dans sa quête par "l'Organisation Merveilleuse du ciel bleu" et son Rider, Kamen Rider IXA, utilisé par Nago Keisuke et sa partenaire Megumi Aso (Sa mère, Yuri Aso, a côtoyé le père de Wataru, Otoya Kurenai, en 1986). L’histoire se déroule sur deux périodes différentes : 1986 et 2008. Il y a donc des analogies entre les deux époques tant au niveau des faits et des rencontres qu'au niveau des ennemis à combattre. Ces Analogies permettent de voir les causes des évènements en 1986 et d'observer leurs conséquences en 2008.