Une entité amorphe est détenue dans une unité de confinement au sein d'un centre de recherche appartenant à une société appelée Relith Science. La créature s'échappe et progresse dans l'installation afin de trouver une sortie. À mesure que l'organisme progresse dans l'établissement, il combat et dévore le personnel et les diverses forces de sécurité. Au fil de son évolution, il découvre des fragments de son code génétique prélevés par les scientifiques à des fins d'étude et de confinement, ce qui lui permet de grandir et de développer de nouveaux moyens de défense, d'attaques et d'adaptation. La créature rencontre également des analyseurs de matériaux qui, lorsqu'ils entrent en contact avec elle, déclenchent des flashbacks révélant ses origines. L'organisme a été découvert à l'origine dans un sac en forme d'œuf (similaire à ceux utilisés dans le jeu pour stocker la biomasse exédentaire) par trois scientifiques dans un complexe souterrain, et à son réveil, lors de l'approche de l'un des intrus, a tué deux d'entre eux et possédé le troisième, le faisait remonter à la surface. Cependant, les forces de sécurité de Relith arrivent et exécutent le dernier scientifique à son arrivée, le démasquant à l'aide d'un scanner, forçant la créature à sortir du corps possédé et permettant à Relith de la capturer et de la contenir. Après avoir collecté tous les fragments d'ADN manquants et les souvenirs, la créature retourne dans sa zone de confinement initiale et absorbe le dernier fragment de son code génétique volé, ce qui lui permet de reconstituer une forme humaine, qui prend l'apparence du scientifique qu'elle avait infecté à l'origine. Elle s'échappe ensuite du complexe grâce à sa nouvelle forme et réapparaît dans une ville partiellement mise en quarantaine, au coucher du soleil.