Le projet Ark est un projet ultrasecret visant à créer des robots capables d'assurer l'ordre et la sécurité du monde. Lorsque le concepteur du projet meurt dans un étrange accident, un commando dérobe toutes les données liées au projet. Désormais, les robots pourraient se retourner contre les humains. Un seul robot va venir au secours de l'Humanité : Kikaider.