Freckles, un petit orphelin manchot, n'a aucun souvenir de son père ni de sa mère. Cible des railleries des autres enfants, Freckles finit par s'enfuir et, après de nombreuses péripéties, rencontre John McLean, le patron d'un camp de bûcherons qui, admirant le courage du garçon, le nomme gardien de Limberlost, un précieux marais forestier. Là, Freckles rencontre Angel, qui passe l'été avec une naturaliste. Angel tombe amoureux de Freckles, mais il croit que ses sentiments pour lui ne sont que de la pitié. Alors qu'ils sont un jour dans le marais, un énorme arbre s'effondre, mettant en péril la vie d'Angel. Freckles se précipite et se sacrifie pour la sauver. Pensant qu'il est indigne de l'amour d'Angel, Freckles ne se soucie pas de vivre. Alors qu'il est proche de la mort, son grand-père anglais décède, laissant une partie de sa succession à son petit-fils.