Récit authentique du Capitaine Amasa Delano repris par Herman Melville en un conte énigmatique, Benito Cereno relate une mutinerie sur un navire négrier en 1799. Sur ce navire, trois hommes sont face à leur « liberté » : « l’Américain » Georges Selmark, « l'Espagnol » Ruy Guerra et « l’Africain » Temour Diop. Le film tente de montrer les courants obscurs qui traversent ces personnages, « ceux de la vie intérieure », selon le réalisateur.