Dans les années 1980, le gouvernement brésilien, en collaboration avec les forces spéciales américaines, a entrepris d'exploiter les terres et les réserves amazoniennes, réduisant en esclavage et tuant toute forme de résistance. Pour venir en aide aux victimes locales, un jeune soldat décoré du corps des Marines américain, Daniel Morrel, surnommé « Indio », né en Amazonie, va leur opposer une résistance féroce.