Les Tortues Ninja regardent à la télévision une retransmission vidéo de guerriers qui leur ressemblent et qui affrontent les « Dragons Pourpres ». Elles s'introduisent par effraction dans le Q. G. des Dragons Pourpres et découvrent que leurs « imposteurs » sont en réalité des versions alternatives d'elles-mêmes; les deux équipes s'échappent ensemble. Les Tortues de 1987 révèlent être arrivées après un affrontement lié au mutagène avec Shredder et Krang, dans le Technodrome. Durant la bataille, le téléporteur dimensionnel a dysfonctionné, les envoyant toutes dans la dimension de 2003. En consultant les rapports de séismes récents, les Tortues retrouvent le Technodrome, mais doivent affronter une armée de soldats du Clan des Foot, menée par Bebop et Rocksteady. Le Shredder de 1987 aperçoit les deux équipes de Tortues Ninja et émet l'hypothèse qu'un autre Shredder pourrait lui aussi exister dans cette dimension. Avec Krang, il découvre Ch'rell, le Shredder d'Utrom, sur un astéroïde glacé où il a été banni, et le téléporte au Technodrome. Ils le raniment, mais le jugent trop fou pour une alliance et tentent de le disséquer. Cependant, Karai, la fille adoptive de Ch'rell, qui avait surveillé son exil, s'introduit dans le Technodrome et le libère, déclarant que la technologie de l'arme appartient au Clan des Foot. Alors qu'ils traquent le Technodrome, les Tortues et leur maître Splinter sont attaqués par Hun et les Dragons Pourpres, qui convoitent leur mutagène. Durant le combat, Hun y est accidentellement exposé et se transforme en tortue mutante. Il erre jusqu'à découvrir le Technodrome, désormais sous le contrôle de Ch'rell, qui le reprend à son service. Ch'rell et Karai entreprennent la reconstruction du Technodrome, avec l'aide du Cyber Foot, et utilisent la science Utrom pour le moderniser. Cette technologie ainsi obtenue permet de créer le nouveau corps de Shredder pour Ch'rell et de nouveaux Foot-Bots.