Les Dezalg sont de retour avec une nouvelle arme horrible et l’ont déchaînée sur les défenses de Megazone 23. Convaincu que leur salut passe aussi par de nouvelles armes, B.D. est à nouveau déterminé à briser le niveau de protection final de l’EVE. Un contrôle total de Megazone 23 signifierait un développement d’armes sans entraves. Pendant ce temps, Shogo a essayé de reprendre une vie « normale » : traîner avec sa bande de motards, « Trash », et sa petite amie, Yui. Mais ses convictions concernant les politiques du gouvernement fantôme de Megazone n’ont pas changé, et lorsque l’EVE fait appel à son aide, il découvre où le vélo Garland a été caché. C’est l’heure du duel pour Shogo et B.D., Trash et l’armée, ainsi que pour les Dezalg et Megazone. Cependant, le dernier secret de l’EVE, A.D.A.M., pourrait signifier que personne ne survivra.