Dans ce remontage pour le cinéma, condensé, de la série animée de 1978 de Hayao Miyazaki, datant de 1979, un jeune garçon nommé Conan se lance dans une grande aventure. Conan vit dans un monde composé en grande partie d’océans ; les principales masses terrestres ont été détruites par les armes de la grande catastrophe de 2008. Il rencontre une jeune fille nommée Lana, qui est enlevée par la cité-État technologique d’Industria, alors qu’ils tentent de récupérer ces armes. Ensemble, avec ses amis, Conan se met en route pour sauver Lana et empêcher Industria de menacer le reste du monde.