Ultraman Saga s’ouvre sur une puissante vision apocalyptique de Tokyo : des bâtiments détruits et une ville qui semble privée de vie. On présente bientôt la Force de Défense de la Terre (EDF), l’équipe U (incarnée par des membres du groupe d’idoles féminines AKB48). Ils affrontent, avec un groupe d’enfants et les derniers survivants sur la planète Terre, l’invasion du monde par le maléfique Alien Bat, le reste de la population humaine ayant été enlevé.