Des années après les événements de Megazone 23 II, la seule ville de la Terre est l’Eden, censé être idyllique. Y vit Eiji Takanaka, un hacker de niveau B, qui vient d’être accepté au sein d’EX, l’organisation qui contrôle Eden. Cependant, avant son premier jour de travail, il se retrouve entraîné dans une guerre de réseaux, dans la légende que représente EVE, et dans un complot visant à réoccuper la Terre.