Dans la ville de Minato Mirai, à Yokohama, la nouvelle de la défaite de Fusion face aux Pretty Cures fait l’effet d’une bombe ! Partout, des filles sont folles des Pretty Cures : elles se déguisent et jouent les rôles de leurs Cures préférées. Seule Sakagami Ayumi, la nouvelle élève transférée, reste seule. Sur le chemin du retour de l’école, Ayumi rencontre une étrange créature. Après l’avoir nommée Fuu-chan, Ayumi et la créature deviennent rapidement de bons amis. Cependant, Fuu-chan est en réalité un fragment de Fusion, et possède le pouvoir des ténèbres. Dans le but de rendre Ayumi heureuse, Fuu-chan engloutit tout ce qu’Ayumi n’aime pas, provoquant le chaos à l’école et dans toute la ville ! Pour aider à faire comprendre à Fuu-chan les véritables sentiments d’Ayumi, les 28 Pretty Cures ont été réunies une nouvelle fois. Quand les pouvoirs de tout le monde se rassemblent, une lumière miraculeuse commence à briller.