Après avoir libéré Whisper, un Yo-kai à l'apparence fantomatique emprisonné depuis 190 ans, Nathan Adams reçoit de celui-ci la promesse d'être protégé des dangers surnaturels. Whisper lui remet également une Yo-kai Watch, une montre qui lui permet de voir les autres Yo-kai. Accompagnés de Jibanyan, un esprit-chat à deux queues, ils sont confrontés à de nombreux phénomènes liés aux Yo-kai et s'emploient à résoudre les problèmes qu'ils provoquent.