Après que Sento ait fusionné les deux Terres et donc créé un nouveau monde sans Evolto, lui et Ryuga se retrouvent livrés à eux-mêmes. Le film raconte cela du point de vue de Ryuga. Bien qu'ils aient vaincu Evolto, la vérité est un mystère. Que vont découvrir nos héros dans ce nouveau monde? Un jour, Ryuga rencontre une mystérieuse femme, Yui Mabuchi, qui se souvient de Kamen Rider Cross-Z. Yui a été victime d’une expérience humaine dans le monde précédent et fut abandonnée. Un nouvel ennemi du nom de Killbus apparaît via le panneau blanc de la Pandora Box; Cross-Z et Build s'opposent à lui pour l'empêcher de détruire la Terre. Killbus se révèle être le frère aîné d'Evolto et est considéré comme le pire membre de la tribu des Blood. Il copie l'apparition du célèbre danseur Satoshi Amagasaki et se transforme en Kamen Rider Killbus avec le Build Driver qu'il dérobe à Sento et un mystérieux objet appelé Killbuspider. Ryuga et Yui sont également attaqués et ripostent, mais sont impuissants devant le pouvoir écrasant de Killbus. Le pouvoir de Pandora Box réveille les souvenirs des anciens amis de Sento et de Ryuga et ils se réunissent avec Ryuga. Toutefois, leur aide n'est pas suffisante et pour vaincre cet adversaire qui semble tout-puissant, Cross-Z doit s'allier avec son vieil ennemi de toujours, Evolto pour vaincre Killbus et obtenir la Muscle Galaxy FullBottle et devenir Kamen Rider Cross-Z Evol . Ryuga peut-il sauver l'univers et Yui ? Et quel est le but réel d'Evolto ?