À la fin de la période Edo, qui a marqué la fin de l'ère des samouraïs, Ryu est le descendant d'un « genin », le rang le plus bas dans la hiérarchie des ninjas. En raison de son rang inférieur, il mène une existence misérable. Puis, il reçoit un ordre secret de Katsu Kaishu lui demandant de récupérer la princesse Shizuka, originaire de Satsuma, chez un vassal influent à Edo.