Se déroulant pendant les dernières années du shogunat Tokugawa en déclin, Shadow Hunters relate les exploits, pour le moins douteux, de trois ronin qui se font appeler les « Chasseurs d’ombres ». Ces trois ronin ne sont pas de simples vauriens querelleurs en quête d’une beuverie, d’une femme et de quelqu’un à qui planter une épée, mais en réalité d’anciens samouraïs qui, plutôt que de suivre leurs fiefs détruits et leurs maîtres assassinés jusqu’à la mort par le seppuku, ont mis en commun leur talent au sabre pour empêcher le gouvernement de violer ses daimyos afin d’obtenir des ressources précieuses.