Qui a besoin de l'école, qui a besoin du baseball et qui a besoin d'amis? C'est l'attitude du délinquant du lycée, Taishi Fura, qui est devenu solitaire après s'être brouillé avec ses pairs. Un jour, il est témoin de l'attaque brutale d'une goule, qui a laissé l'un de ses anciens amis à l'hôpital et l'autre mort. Déterminé à les venger, Fura décide de poursuivre le monstre mangeur d'hommes. Ses efforts lui permettent de croiser le chemin de Kishou Arima, un élève tranquille qui fréquente également son lycée. Arima, cependant, n'est pas un étudiant ordinaire. Malgré son jeune âge, il est un enquêteur à part entière de la GCC, un groupe de travail gouvernemental qui s’efforce de faire face à la menace des goules. Ensemble, Fura et Arima traquent la goule, connue sous le nom de Lanterne, mais il devient vite évident que le monstre peut être plus proche que quiconque ne le soupçonne. Dans cette histoire parallèle, Tokyo Ghoul: "Jack" offre un aperçu du passé de Kishou Arima, bien avant qu'il ne devienne le dieu craint de la mort de la CCG.